A mikroszkóp az emberiség egyik legnagyobb találmánya. Feltalálása előtt a körülöttük lévő világról alkotott emberi elképzelések a szabad szem használatára korlátozódtak, vagy lencsék tartására a szabad szemmel való látás elősegítésére.
A mikroszkópok egy teljesen új világot nyitottak meg az emberi látásban, először láthatják több száz "új" apró állat és növény belső működését, az emberi testtől a növényi rostokig. A mikroszkópia emellett segít a tudósoknak új fajok felfedezésében, és segít az orvosoknak a betegségek kezelésében.
Az első mikroszkópokat Hollandiában készítették el a 16. század végén. A feltalálók Yas Jensen holland optikus vagy egy másik holland tudós, Hans Lipsch volt, aki egyszerű mikroszkópokat készített két lencsével, de ezekkel a műszerekkel nem végzett fontos megfigyeléseket.
Két ember később elkezdte használni a mikroszkópokat a tudományban. Az első az olasz tudós, Galileo Galilei. Először mikroszkóppal írt le egy rovart összetett szemei után. A második a holland lenvászonkereskedő, Leeuwenhoek (1632-1723), aki maga tanulta meg a lencsék élezését. Most először írt le sok, szabad szemmel láthatatlan apró növényt és állatot.
1931-ben Ernst Ruska egy elektronmikroszkóp kifejlesztésével forradalmasította a biológiát. Ez lehetővé teszi a tudósok számára, hogy akár milliméter milliméter milliomod részében is megfigyeljenek tárgyakat. 1986-ban Nobel-díjat kapott.